توسعه علوم و فناوری‌های نوین میان‌رشته‌ای در جهان، مسئولان وقت دانشگاه تهران را به این سمت سوق داد تا نماد آموزش عالی کشور از قافله جریان علمی جهان عقب نماند، بنابراین پس از بررسی‌های لازم تصمیم گرفته شد تا دانشکده‌ای با مأموریت جدید جهت جذب نخبگان و پژوهشگران و انجام پژوهش‌های کاربردی میان‌رشته‌ای به منظور خلق و ارائه دانش مورد نیاز جامعه به مراکز صنعتی و ملی و ترویج باور کارآفرینی در بین دانش‌آموختگان و با چشم‌انداز و اهداف بلند ایجاد شود؛ بنابراین دانشکده علوم و فنون نوین دانشگاه تهران در تاریخ 5 بهمن 1388 به تصویب هیئت‌امنای دانشگاه تهران رسید و در تاریخ 30 فروردین 1390 به دست رئیس جمهور وقت افتتاح گردید. البته جذب هیئت‌علمی و دانشجو از نیمه دوم سال 1389 آغاز شده بود. در حال حاضر، چارت سازمانی دانشکده به شرح زیر است.